El CEPAM cuenta con cuatro programas institucionales:

1. Derechos económicos y participación ciudadana: Apoya la optimización del ejercicio de los derechos económicos para lograr la equidad de género en el desarrollo local, a través de la transferencia de metodologías y acciones participativas; permitiendo la sostenibilidad económica y social y el fortalecimiento de procesos de participación ciudadana de las mujeres de los sectores populares de Quito.

2. Derechos Sexuales, Reproductivos y Salud de la Mujer: Contribuye a mejorar la calidad de vida de las mujeres, mediante la promoción de sus derechos sexuales y reproductivos. Da apoyo médico y psicológico a la mujer víctima de violencia doméstica. Es un espacio de docencia. Aporta con metodologías y propuestas para la operativización de políticas públicas.

3. Derechos Humanos, Atención y Prevención de la Violencia Intrafamiliar: Promueve el derecho a una vida libre de violencia física, psicológica y sexual, a través de la generación de metodologías de intervención, capacitación, servicios especializados y propuestas de reformas legales para el tratamiento y prevención de esta problemática.

4. Migración: Asiste a mujeres y familias de migrantes a través de los tres ejes fundamentales del CEPAM, con el objetivo de lograr la reunificación de las familias ecuatorianas a través de proyectos productivos que les permitan mejorar condiciones de vida.